Laitoksen hallinnosta vastaavat johtoryhmä ja esimies, jonka nimike on intendentti. Johtoryhmän nimittää rehtori, ja sen toimiaika on kolme kalenterivuotta. Johtoryhmän muodostavat puheenjohtaja sekä vähintään neljä ja enintään kuusi muuta jäsentä, joista vähintään yhden on oltava Åbo Akademin ulkopuolinen merenkulun asiantuntija.

Johtoryhmä 2024–2026

Puheenjohtaja

Fredrik Nilsson
Professori, Åbo Akademi 

Varapuheenjohtaja

Ann-Catrin Östman
Vanhempi yliopistonlehtori, dosentti, Åbo Akademi

Jäsenet

Niklas Huldén
Arkistonhoitaja, Åbo Akademi

Anna Meronen
Museonjohtaja, Rauman merimuseo

Pär-Henrik Sjöström
Toimittaja

Kim Söderström
Johtaja, Turun Satama Oy

Tapani Tuovinen
Dosentti, Oulun yliopisto

Esittelijä

Kasper Westerlund
Intendentti, merihistorian laitoksen esimies