5.1.2023
Tohtorinväitös biomolekyyli-komplekseista biologisten toimintojen säätelijöinä
M. Tech. Vipin Rangan väitöskirja biokemian alalta esitetään julkisesti tarkastettavaksi Åbo Akademin luonnontieteiden ja tekniikan tiedekunnassa.
Väitöskirjan otsikkona on Specificity Determining Features at the Interface of Biomolecular Complexes as Regulators of Biological Functions
Väitöstilaisuus järjestetään perjantaina 13. tammikuuta 2023 klo 13 osoitteessa auditorio Argentum, Aurum, Henrikinkatu 2, Turku. Vastaväittäjänä toimii dosentti, yliopistotutkija Maija Lahtela-Kakkonen, Itä-Suomen yliopisto ja kustoksena professori Mark S. Johnson, Åbo Akademi.
Yhteenveto
Biomolekyylien rajapinnassa olevilla aminohappotähteillä on olennainen rooli monissa biologisissa ja soluprosesseissa; tämän opinnäytetyön kannalta kiinnostavat proteiini-proteiini-vuorovaikutukset säätelevät signalointireittejä ja entsymaattista aktiivisuutta, kun taas proteiini-DNA-vuorovaikutukset säätelevät geenien ekspressiota ja proteiini-peptidivuorovaikutukset ovat immuunijärjestelmän keskeisiä tekijöitä.
Biomolekyylien tunnistus ja sitoutumisstabiilisuus määräytyvät suurelta osin molekyylien rajapinnassa olevien tähteiden perusteella. Tässä opinnäytetyössä keskityimme kolmeen biologiseen kokonaisuuteen, jotka liittyvät ihmisiin ja ihmisten terveyteen: 1) nivelreumapotilaiden tulehtuneiden nivelten epäsäännelty sitrullinaatio, 2) uusi PRD-tyyppisten transkriptiotekijöiden perhe, jonka jäsenet ovat kriittisen tärkeitä muutaman ensimmäisen solunjakautumisen kannalta ihmiselämässä ja 3) epitoopit, jotka todennäköisesti aktivoivat sytotoksisen T-soluvälitteisen immuunivasteen SARS-CoV-2-infektiota vastaan. Molekyylivuorovaikutusten rakenteellisten ja toiminnallisten seurausten tutkimiseksi käytimme jokaisessa aineistossa laajaa valikoimaa bioinformatiikan tekniikoita eri tietokannoista haettujen sekvenssien, rakenteiden ja biologisten tietojen analysointiin sekä ottamalla huomioon kirjallisuudessa julkaistua tietoa ja yhteistyökumppaneiden tutkimustuloksia. Kaiken kaikkiaan tämä opinnäytetyö osoittaa synergiaa, joka on mahdollista soveltamalla tätä tieteidenvälistä lähestymistapaa molekyylien vuorovaikutusten seurausten ymmärtämiseen.
***
Väittelijä on osa InFLAMES tutkimuslippulaivaa. InFLAMES on Turun yliopiston ja Åbo Akademin lippulaivahanke. Se tähtää uusien lääkekehityskohteiden tunnistamiseen ja lääkekehitykseen yhdessä biotekniikka- ja lääkeyritysten kanssa. Lippulaiva edistää myös diagnostiikkaa, jolla potilaille voidaan räätälöidä sopivat täsmähoidot.
Suomen Akatemian lippulaivaohjelma tukee korkeatasoista tutkimusta ja siitä kumpuavaa laajaa taloudellista ja yhteiskunnallista vaikuttavuutta. Lippulaivoissa yhdistyvät vahva yhteistyö elinkeinoelämän ja muun yhteiskunnan kanssa, muuntautumiskyky sekä taustaorganisaatioiden vahva sitoutuminen.
Vipin Ranga on syntynyt 1986 Rajasthanissa, Intiassa. Hän on tavoitettavissa puhelimitse numerosta +358403298834 ja sähköpostitse osoitteesta vipin.ranga@abo.fi.
Väitöskirja on luettavissa Åbo Akademin julkaisuarkistossa Doriassa.