3.6.2022
Uudet tekoälyratkaisut helpottavat seurantaa
Uusi ilmainen sovellus auttaa kuvissa olevien kohteiden seurantaa tutkimustyössä. Tekoälyä hyödyntävä työkalu vauhdittaa uusia läpimurtoja biotieteissä.
Yksittäisten kohteiden liikkeen seuraaminen tietyllä aikajaksolla on kuva-analyysissä käytetty keskeinen tekniikka, jolla voidaan kvantifioida dynaamisia prosesseja. Uuden TrackMate v7 -sovelluksen avulla tutkijat voivat helposti seurata kohteita kuvissa. TrackMate on ilmainen, avoimen lähdekoodin työkalu, joka on saatavilla osana Fiji-kuvankäsittelyalustaa.
– TrackMaten avulla tutkijat voivat ratkaista monimutkaisia seurantaan liittyviä ongelmia tehokkaammin, mikä nopeuttaa läpimurtoja biotieteiden kaikilla aloilla, sanoo Åbo Akademin akatemiatutkija Guillaume Jacquemet, joka on myös yksi TrackMaten kehitystyöhön osallistuneista tutkijoista.
Biotieteissä seurannan avulla tarkkaillaan esimerkiksi molekyylien, soluorganellien, bakteerien, solujen ja eläinten liikkeitä. Tutkimustyössä käytettävien kuvien laajan kirjon vuoksi mikään yksittäinen sovellus ei tarjoa ratkaisua kaikkiin seurannan tarpeisiin.
TrackMate v7 hyödyntää seurannassa automaattisia ja puoliautomaattisia algoritmeja sekä kehittyneitä visualisointi- ja analysointityökaluja. Sovellus käyttää laajan kuva-aineiston analysoinnissa ja kohteiden havaitsemissa tekoälyratkaisuja ja muita kehittyneitä segmentointialgoritmeja.
– Tämä uusi ominaisuus lisää TrackMaten sovellusten ja ominaisuuksien käyttömahdollisuuksia huomattavasti. TrackMate v7:n avulla voidaan seurata esimerkiksi liikkuvia syöpäsoluja, immuunisoluja tai kantasoluja. Sitä voidaan käyttää myös bakteerien kasvun seuraamiseen, Jacquemet sanoo.
– Meidän omassa laboratoriossa ohjelmistoa käytetään parhaillaan syövän etäpesäkkeiden muodostumisen mahdollistavien mekanismien tutkimiseen. Sen avulla pystymme tuottamaan laadukkaampaa ja informatiivisempaa dataa paljon nopeammin.
TrackMate v7:n kehittämistä koordinoivat Guillaume Jacquemet (Åbo Akademi, Turku) ja Jean-Yves Tinevez (Pasteur-instituutti, Pariisi).
Lue artikkeli ”TrackMate 7: integrating state-of-the-art segmentation algorithms into tracking pipelines”, joka on julkaistu Nature Methods -lehdessä 2.6.2022: https://www.nature.com/articles/s41592-022-01507-1
Lisätietoja:
Guillaume Jacquemet
Solubiologian akatemiatutkija, Åbo Akademi
Puh: 050 323 5606
Sähköposti: guillaume.jacquemet@abo.fi