Inom ämnet nationalekonomi vid Åbo Akademi bedrivs forskning främst inom arbetsmarknadsekonomi, hälsoekonomi och industriell organisation, vilka relaterar till offentlig ekonomi och välfärd.

Forskningen inom arbetsmarknadsekonomi är i huvudsak empirisk, med fokus på humankapitalets inverkan på ekonomiska utfall, entreprenörskap, utbildningsekonomi, familjeekonomi och diskriminering på arbetsmarknaden.

Inom hälsoekonomi studeras bland annat sambandet mellan hälsa, hälsobeteende och arbetsmarknadsframgång.

Forskningen inom industriell organisation är främst teoretisk och inriktad på konkurrens, offentligt och privat ägande, ekonomiska incitament och inre motivation i olika typer av organisationer samt ekonomiska reformer relaterade till new public management.