5.1.2023

Doktorsavhandling om biomolekylära komplex som reglerare av biologiska funktioner

M. Tech. Vipin Rangas doktorsavhandling i biokemi framläggs till offentlig granskning vid fakulteten för naturvetenskaper och teknik vid Åbo Akademi.

Avhandlingen heter Specificity Determining Features at the Interface of Biomolecular Complexes as Regulators of Biological Functions

Disputationen äger rum fredagen den 13 januari 2023 kl. 13 i Auditorium Argentum, Aurum, Henriksgatan 2, Åbo. Opponent är docent, universitetsforskare, Maija Lahtela-Kakkonen, Östra Finlands universitet och kustos är professor Mark S. Johnson, Åbo Akademi.

Sammanfattning

Aminosyror i kontaktytan mellan olika biomolekyler spelar en viktig roll i många biologiska och cellulära processer; relevanta interaktioner för den här avhandlingen är protein-proteininteraktioner som reglerar signaleringsrutter och enzymatisk aktivitet, protein-DNA interaktioner som kontrollerar genexpression, samt protein-peptidinteraktioner som har en central roll i immunförsvaret.

Biomolekylär igenkänning och bindningsstabilitet beror till stor del på de aminosyror som finns i den molekylära kontaktytan. I den här avhandlingen fokuserade vi på tre biologiska dataset som är relaterade till människor och människors hälsa: 1) felreglerad citrullinering i inflammerade leder hos patienter med reumatoid artrit, 2) en nyupptäckt familj av PRD (human paired)-lika transkriptionsfaktorer som är nödvändiga för de första celldelningarna i människolivet, och 3) epitoper som troligen aktiverar en cytotoxisk T-cell-förmedlad immunrespons mot SARS-CoV-2 infektioner. För att studera de strukturella och funktionella konsekvenserna av de molekylära interaktionerna i varje dataset, användes en mängd olika bioinformatiska tekniker för att analysera sekvenser, strukturer och biologiska data från olika databaser och dessutom beaktades experimentella resultat från samarbetspartners och från litteraturen. Över lag visar denna avhandling synergin som är möjlig genom att använda detta interdisciplinära arbetssätt för att förstå konsekvenserna av molekylära interaktioner.

***
Disputanden är knuten till forskningsflaggskeppet InFLAMES. InFLAMES är Åbo universitets och Åbo Akademis gemensamma flaggskeppsinitiativ. Målet är att integrera immunologiska och immunologirelaterade forskningsaktiviteter för att utveckla och utnyttja nya diagnostiska och terapeutiska verktyg för precisionsmedicin.

Finlands Akademis flaggskeppsprogram är ett finansieringsinstrument som stöder högklassig forskning och det ekonomiska och samhälleliga genomslag som forskningen ger upphov till. Flaggskeppen kombinerar tätt samarbete med näringslivet och samhället överlag, anpassningsförmåga och starkt engagemang av värdorganisationer.

Vipin Ranga är född 1986 i Rajasthan, Indien. Han kan vid behov nås per telefon +358 403 298 834 eller e-post vipin.ranga@abo.fi.

Avhandlingen kan läsas i Åbo Akademis publikationsarkiv Doria.