3.6.2022
Ny AI-mjukvara hjälper biovetare analysera bilder
En ny, avgiftsfri mjukvara hjälper forskare spåra objekt i bilder. Verktyget bygger på artficiell intelligens och kommer att försnabba jakten på nya upptäckter inom biovetenskaperna.
Objektspårning, att över tid följa enskilda detaljers rörelse, är en avbildningsteknik som används för att studera dynamiska biologiska processer. TrackMate v7 är en ny mjukvara som hjälper forskare att spåra objekt lättare. TrackMate är gratis, bygger på öppen källkod och är tillgänglig som en del av bildanalysplattformen Fiji.
– TrackMate hjälper forskare hantera komplexa spårningsproblem effektivare. Det här gör att vi kommer att kunna göra nya upptäckter inom de olika biovetenskaperna snabbare, säger Guillaume Jacquemet, akademiforskare i cellbiologi vid Åbo Akademi och en av forskarna som deltagit i utvecklingen av TrackMate.
Inom biovetenskaperna används spårning för att till exempel följa hur molekyler, organeller, bakterier, celler eller hela organismer rör sig. På grund av den enorma variationen på bilder som används inom forskningen finns det ingen enskild mjukvara som klarar av att hantera alla utmaningar med objektspårning.
I TrackMate v7 används automatiserade och semi-automatiserade spårningsalgoritmer samt avancerade avbildnings- och analysverktyg. För att göra det möjligt att analysera mycket varierande bilder bygger mjukvaran på artificiell intelligens och andra avancerade algoritmer för bildsegmentering som klarar av att urskilja specifika objekt.
– De nya egenskaperna i TrackMate ökar mjukvarans användningsområden. Vi har till exempel visat att TrackMate v7 kan användas för att följa cancerceller, immunceller eller stamceller när dessa förflyttar sig. Mjukvaran kan också användas för att analysera bakterietillväxt, säger Jacquemet.
– Vi använder för tillfället själva TrackMate v7 för att studera de mekanismer som gör det möjligt för cancer att metastasera. Vi kan nu skapa bättre och mera informativa data mycket snabbare än tidigare.
Utvecklingen av TrackMate v7 koordinerades av Guillaume Jacquemet vid Åbo Akademi och Jean-Yves Tinevez vid Pasteurinstitutet i Paris, Frankrike.
Läs artikeln ”TrackMate 7: integrating state-of-the-art segmentation algorithms into tracking pipelines” publicerad i Nature Methods den 2 juni 2022: https://www.nature.com/articles/s41592-022-01507-1
Mera information:
Guillaume Jacquemet
Akademiforskare i cellbiologi vid Åbo Akademi
Tfn: +358 50 323 5606
E-post: guillaume.jacquemet@abo.fi