Institutets förvaltning handhas av en ledningsgrupp och en föreståndare som benämns intendent. Ledningsgruppen utses av rektor för en mandattid på tre kalenderår. Ledningsgruppen består av en ordförande och minst fyra och högst sex övriga medlemmar, varav minst en bör representera sakkunniga inom sjöfarten utanför Åbo Akademi. 

Ledningsgrupp 2024–2026

Ordförande

Fredrik Nilsson
Professor, Åbo Akademi 

Viceordförande

Ann-Catrin Östman
Äldre universitetslektor, docent, Åbo Akademi

Medlemmar

Niklas Huldén
Arkivarie, Åbo Akademi

Anna Meronen
Museichef, Rauman merimuseo

Pär-Henrik Sjöström
Redaktör

Kim Söderström
Direktör, Åbo Hamn Ab

Tapani Tuovinen
Docent, Uleåborgs universitet

Föredragande

Kasper Westerlund
Intendent, föreståndare, Sjöhistoriska institutet