Sjöhistoriska institutet har ända sedan verksamheten inleddes år 1936 och som en central del av uppdraget idkat publikationsverksamhet. Från och med år 2005 har all utgivning koncentrerats till huvudserien Meddelanden från Sjöhistoriska institutet vid Åbo Akademi som omfattat såväl monografier som antologier och konferensrapporter.
Under senare år har en del nummer i serien utgivits i samarbete med olika samfund i Sverige och på Åland.
Huvudserien
- Meddelanden från Sjöhistoriska institutet vid Åbo Akademi
- Meddelanden från Sjöhistoriska museet vid Åbo Akademi
Äldre serier
Skriftserien Meddelanden från Jungfrusundsprojektet utkom 1987–2004 och innehåller främst föredrag som hölls vid Nordiska maritimhistoriska forskargruppens (NMF) seminarier och symposier.
Som informationsblad för museifartyget Sigyn och Sjöhistoriska museet vid Åbo Akademi utgavs serien Partredaren under åren 1980–1995 med ett årligt nummer. Serien lades ned efter att ansvaret för Sigyn år 1994 övertogs av Stiftelsen för museifartyget Sigyn. Partredaren har förutom information om Sigyn och Sjöhistoriska museet också innehållit vetenskapliga artiklar.
Nyare publikationer kan köpas i Åbo Akademis nätbutik. Äldre utgåvor kan beställas direkt från institutet.